En apparence, Saya Kisaragi est une jeune lycéenne tout à fait normale. Toujours présente pour aider son prochain et un peu tête en l'air, elle vit avec son père, Tadayoshi, prêtre shintoïste. Saya s'est vu confier par son père la mission d'éliminer les « Anciens ». Armée de son épée sacrée, elle traque ces monstres dévoreurs d'humains dont les apparitions sont de plus en plus fréquentes. De plus, la jeune fille commence à être sujette à de terribles maux de tête lui laissant voir des visions qu'elle ne comprend pas… Pourquoi les Anciens en ont après elle ? et quelle est la signification de ses visions ?

Tokyo, invierno. A raíz de la aplicación de la Ley de Protección de la Juventud, los menores tienen prohibido circular por las calles después de las nueve de la noche y el uso de internet está regulado. Sin embargo, un grupo llamado Sirrut sigue luchando por la libertad de los más jóvenes. Sus indagaciones les llevan hasta Tower, una misteriosa organización que supuestamente lleva a cabo experimentos con seres humanos en los que hay gente que es devorada.